Instalar certificado A1 em vários computadores ou ter cópias do arquivo A1 inviabiliza o controle de uso, além do risco de vazamento (roubo) do certificado.
Centralizar em um token A3 (cartão/chip ou usb) trava demais.
Utilizo uma solução que é um mix, tenho o certificado instalado em alguns computadores Windows, porém a segurança se mantem, pois para utilização é necessário aprovar no aplicativo do smartphone.
Dos serviços que conheço e utilizo, apenas a autentique não tem suporte a utilizar certificados no repositório do Windows.